• Známa databáza rodín RNA génov je Rfam: https://rfam.org/
  • Nájdite si v nej rodinu RF00015 (U4 spliceosomal RNA)
  • V časti Secondary structure si môžete pozrieť obrázky farebne kódované podľa rôznych kritérií
    • Skúste pochopiť, čo jednotlivé obrázky a ich farby znamenajú
  • Jedna z mnohých ľudských kópií je táto:
AGCTTTGCGCAGTGGCAGTATCGTAGCCAATGAGGTTTATCCGAGGCGCG
ATTATTGCTAATTGAAAACTTTTCCCAATACCCCGCCATGACGACTTGAA
ATATAGTCGGCATTGGCAATTTTTGACAGTCTCTACGGAGA
  • Skúste ju nájsť v ľudskom genome nástrojom BLAT v UCSC genome browseri
  • Pozrite si tracky GENCODE genes, conservation, RepeatMasker v jej okolí
  • Vo verzii hg19 (kam sa viete z inej verzie dostať cez horné menu View->In Other Genomes) je track “CSHL Sm RNA-seq” ktorý obsahuje RNASeq krátkych RNA z rôznych častí buniek, zapnite si v jeho nastaveniach aj zobrazenie RNA z jadra (nucleus)
  • Zadajte sekvenciu na RNAfold serveri
  • Ak výpočet dlho trvá, pozrite si výsledok

  • Podobá sa na štruktúru zobrazenú v Rfame? v čom sa líši?

  • RNA dizajn: môžete sa skúsiť zahrať na stránke https://www.eternagame.org/web/