• Znama databaza rodin RNA genov je Rfam: https://rfam.xfam.org/
  • Najdite si v nej rodinu RF00015 (U4 spliceosomal RNA)
  • V casti Secondary structure si mozete pozriet obrazky farebne kodovane podla roznych kriterii
    • Skuste pochopit, co jednotlive obrazky a ich farby znamenaju
  • Jedna z mnohych ludskych kopii je tato:
AGCTTTGCGCAGTGGCAGTATCGTAGCCAATGAGGTTTATCCGAGGCGCG
ATTATTGCTAATTGAAAACTTTTCCCAATACCCCGCCATGACGACTTGAA
ATATAGTCGGCATTGGCAATTTTTGACAGTCTCTACGGAGA
  • Skuste ju najst v ludskom genome nastrojom BLAT v UCSC genome browseri
  • Pozrite si tracky GENCODE genes, conservation, RepeatMasker v jej okoli
  • Vo verzii hg19 (kam sa viete z inej verzii dostat cez horne menu View->In Other Genomes) je track “CSHL Sm RNA-seq” ktory obsahuje RNASeq kratkych RNA z roznych casti buniek, zapnite si v jeho nastaveniach aj zobrazenie RNA z jadra (nucleus)
  • Zadajte sekvenciu na RNAfold serveri
  • Ak vypocet dlho trva, pozrite si vysledok

  • Podoba sa na strukturu zobrazenu v Rfame? v com sa lisi?

  • RNA dizajn: mozete sa skusit zahrat na stranke https://www.eternagame.org/web/

Expresia génov

NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

  • Databaza gene expression dat na NCBI
  • Do Search okienka zadajme GDS2925
  • Mali by sme dostat dataset Various weak organic acids effect on anaerobic yeast chemostat cultures
  • Mozeme si pozriet zakladne udaje, napr. citation, platform
  • Link “Expression profiles” nam zobrazi grafy pre rozne geny
  • Pri kazdom profile mozeme kliknut na profile neighbors, aby sme videli geny s podobnym profilom
  • Data analysis tools, cast Cluster heatmaps, K-means, skuste rozne pocty clustrov
    • napr. K=4 a K=5 pre Pearsonovu korelaciu
    • mozeme is pozriet aj hierarchicke zhlukovanie
  • Tie iste data ako Series GSE5926
    • Series znamena povodne data poslane do databazy autormi, DataSet (vyssie) su spracovane od NCBI
    • Analyze with GEO2R
    • R je system a programovaci jazyk na statisticke vypocty, pracuje sa v nom na prikazovom riadku, hoci existuju aj nejake polo-graficke rozhrania
    • Vela programov na pracu s expesiou genov je v R
    • Tato stranka za vas vytvori kod v R, spusti, ukaze vam grafy ale kod si mozete aj stiahnut, spustit a modifikovat
    • V polozke Define groups si musime vytvorit 2 skupiny experimentov, ktore budeme porovnavat, napr. reference vs acetate
      • zaklikame si s CTRL 3 experimenty pre reference (su zlte), potom napiseme meno skupiny, napr. ref a stlacime vytvorenu skupinu (ozelenie)
      • to iste opakujeme pre druhu skupinu, nazveme ju napr. ac
    • Potom stlacime Analyze, dostaneme grafy a tabulku