PSI BLAST a Pfam

  • Budeme uvažovať tri vzdialene podobné enzýmy
    • Bis(5’-adenosyl)-triphosphatase (FHIT) u človeka, accession P49789 (Uniprot)
    • Adenosine 5’-monophosphoramidase HNT1 u kvasinky Saccharomyces cerevisiae, (Uniprot)
    • Galactose-1-phosphate uridylyltransferase u baktérie Haemophilus influenzae (GAL-1-P) (Uniprot)
    • FHIT a HNT1 majú doménu HIT (Pfam).
    • GAL-1-P má domény GalP_UDP_tr_C a GalP_UDP_transf. Tieto domény patria v databáze Pfam do toho istého klanu ako HIT.
  • Pozrime si doménu HIT na stránke databázy Interpro, hlavne časť Profile HMM.

  • Takisto si pozrieme, ako sú domény viditeľné v Uniprot pre FHIT.

  • Skúsme nájsť podobnosť medzi týmito proteínmi v BLASTe: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ v časti proteíny, zvoľme databázu Swissprot, ako Query zadajme Accession proteínu FHIT P49789, spustime program PSI-BLAST, E-value zvýšená na 0.1.
  • V prvom kole PSI-BLAST spúšťa bežný BLASTP
  • Vidíte medzi výsledkami naše dva proteíny? S akou E-hodnotou?
    • HNT1 zo Saccharomyces cerevisiae
    • GAL-1-P z Haemophilus influenzae
  • Spustíme teraz druhú iteráciu PSI-BLAST, ktorá zostaví profil z proteínov s nízkou E-hodnotou v prvej iterácii
  • Ako sa zmenili výsledky pre HNT1 a GAL-1-P?

FoldSeek

  • Pre zadaný proteín hľadá podobné 3D štruktúry
  • Choďte na stránku https://search.foldseek.com/
  • Zvoľte Load accession, zadajte PDB identifikátor 1FHI pre ľudský FHIT používaný aj vyššie
  • Vo výsledkoch zvoľte záložku Swissprot
  • Vidíte vo výsledkoch naše dva proteiny?
    • HNT1 (pod názvom Adenosine 5’-monophosphoramidase) zo Saccharomyces cerevisiae
    • Galactose-1-phosphate uridylyltransferase z Haemophilus influenzae
  • V pravom stĺpci si môžete pozrieť zarovnané štruktúry. Dá sa prepnúť, aby zobrazil celú štruktúru, nielen zarovnanú časť.

Alphafold