Na úvod dokončíme ukážku databázy motívov z minulého cvičenia.

PSI BLAST a Pfam

  • Budeme uvažovať tri vzdialene podobné enzýmy
    • Bis(5’-adenosyl)-triphosphatase (FHIT) u človeka, accession P49789 (Uniprot)
    • Adenosine 5’-monophosphoramidase HNT1 u kvasinky Saccharomyces cerevisiae, (Uniprot)
    • Galactose-1-phosphate uridylyltransferase u baktérie Haemophilus influenzae (GAL-1-P) (Uniprot)
    • FHIT a HNT1 majú doménu HIT (Pfam).
    • GAL-1-P má domény GalP_UDP_tr_C a GalP_UDP_transf. Tieto domény patria v databáze Pfam do toho istého klanu ako HIT.

  • Pozrime si doménu HIT na stránke databázy Interpro, hlavne časť Profile HMM

  • Skúsme nájsť podobnosť medzi týmito proteínmi v BLASTe: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ v časti proteíny, zvoľme databázu Swissprot, ako Query zadajme Accession proteínu FHIT P49789, spustime program PSI-BLAST, E-value zvýšená na 0.1.
  • V prvom kole PSI-BLAST spúšťa bežný BLASTP
  • Vidíte medzi výsledkami HNT1 a GAL-1-P? S akou E-hodnotou?
  • Spustíme teraz druhú iteráciu PSI-BLAST, ktorá zostaví profil z proteínov s nízkou E-hodnotou v prvej iterácii

  • Ako sa zmenili výsledky pre HNT1 a GAL-1-P?

  • Ak by výpočet dlho trval, výsledky sú tu:

FoldSeek

  • Pre zadaný proteín hľadá podobné 3D štruktúry
  • Choďte na stránku https://search.foldseek.com/
  • Zvoľte Load accession, zadajte PDB identifikátor 1FHI pre ľudský FHIT používaný aj vyššie
  • Vo výsledkoch zvoľte záložku Swissprot
  • Vidíte vo výsledkoch naše dva proteiny?
    • HNT1 (pod názvom Hit family protein 1) z Saccharomyces cerevisiae
    • Galactose-1-phosphate uridylyltransferase z Haemophilus influenzae
  • V pravom stĺpci si môžete pozrieť zarovnané štruktúry. Dá sa prepnúť, aby zobrazil celú štruktúru, nielen zarovnanú časť.

Uniprot

  • Pozrime si podrobnejšie stránku ľudského FHIT v databáze Uniprot
  • Ktoré časti boli predpovedané bioinformatickými metódami z prednášky?