Sekvenčné motívy, program MEME

  • Väzobné miesta transkripčných faktorov sa často reprezentujú ako sekvenčné motívy
  • Ak máme skupinu sekvencií, môžeme hľadať motív, ktorý majú spoločný
  • Známy program na tento problém je MEME
  • Choďte na stránku https://meme-suite.org/
  • Zvoľte nástroj MEME a v časti Input the primary sequences zvoľte Type in sequences a zadajte tieto sekvencie
  • Pozrite si ostatné nastavenia. Čo asi robia?
  • Ak server počíta dlho, môžete si pozrieť výsledky

Kvasinkové transkripčné faktory v SGD

  • Yeast genome database SGD obsahuje pomerne podrobne stránky pre jednotlivé transkripčné faktory
  • Pozrime si stránku pre transkripčný faktor GAL4
  • A tiež stránku pre jeho väzobný motív
  • Môžeme si nájsť gén GAL4 aj v databáze JASPAR