Nadreprezentácia (cvičenie pri počítači)

Data o expresii ludskych genov v roznych tkanivach a podobne v UCSC genome browseri

  • Chodte na genome browser
  • Zvolte Tools->Other tools->Gene Sorter, ‘assembly’’ na hg38, sort by na Expression (GTEx), a do okienka search zadajme identifikator genu PTPRZ1
    • Dostane tabulku genov s podobnym profilom expresie ako PTPRZ1 (červená je vysoká expresia, zelená nízka)
    • Pouzijeme predspracovany zoznam tychto genov v textovom formate
  • https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ mena genov skopirujme do policka Query, stlacte g:Profile!
    • Ak by výpočet dlho trval, nájdete ho aj tu
    • Vo výslednej tabuľke je každý riadok jedna funkcna kategoria, v ktorej su geny s tymto profilom expresie nadreprezentovane, kazdy stlpec jeden gen.
    • V spodnej casti tabuly su aj asociacie k chorobam a k transkripcnym faktorom, ktore by mohli prislusne geny regulovat

  • Co by sme na zaklade nadreprezentovanych kategorii usudzovali o gene PTPRZ1?

  • Najdite tento gen v Uniprote, potvrdzuje nase domnienky?
  • Vratme sa do genome browsera, pozrime si PTPRZ1 gen v genome
  • V browseri su rozne tracky tykajuce sa expresie, napr. GTEx. Precitajte si, co je v tomto tracku zobrazene, zapnite si ho a pozrite si expresiu okolitych genov okolo PTPRZ1